先天性喉軟骨畸形一般分為三種類型：1、會厭畸形于胚胎第5周時，第3、4鰓弓未能自兩側向中線生長融合，發生會厭分叉或兩裂(先天性雙會厭)。會厭分叉呈蛇舌形。2、甲狀軟骨異常胚胎第8周時，來自第4鰓弓的兩翼板自下而上在中線融合形成甲狀軟骨。若發育不全，可發生先天性甲狀軟骨裂，部分缺如或軟骨軟化。致使吸氣時軟骨塌隱，引起喉鳴和阻塞性呼吸困難，可行氣管切開術。3、環狀軟骨異常胚胎第8周時，環狀軟骨在腹側和背側逐漸在中線接合。若接合不良、留有裂隙，形成先天性喉裂。亦有因環狀軟骨先天性增生，形成先天性喉狹窄、喉閉鎖。
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