中心成立于2000年12月，為全額撥款的副廳（局）級公益一類事業(yè)單位，增掛重慶市救災(zāi)防病應(yīng)急處理中心、國家食品安全風(fēng)險監(jiān)測重慶中心等牌子，2023年12月增掛重慶市預(yù)防醫(yī)學(xué)科學(xué)院，系多所高等院校教學(xué)實習(xí)基地、研究生聯(lián)合培養(yǎng)基地、國家現(xiàn)場流行病學(xué)培訓(xùn)基地、重慶市生物安全培訓(xùn)基地、全市疾控系統(tǒng)進修培訓(xùn)基地和重慶市公共衛(wèi)生醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)基地。中心以“開展疾病預(yù)防控制，提高公共衛(wèi)生能力，保障人民健康”為宗旨，主要承擔疾病預(yù)防與控制、消毒與病媒生物控制、免疫規(guī)劃、突發(fā)公共衛(wèi)生事件預(yù)防控制、健康危害因素監(jiān)測評價和干預(yù)、食品安全風(fēng)險監(jiān)測與食源性疾病控制、公眾健康和營養(yǎng)狀況監(jiān)測與評價等13項職責任務(wù)，內(nèi)設(shè)行政辦公室、黨委辦公室、科技信息處、人事處、資產(chǎn)管理處和應(yīng)急處理辦公室6個職能處室和傳染病預(yù)防控制所、免疫規(guī)劃所、性病艾滋病預(yù)防控制所、地方病與寄生蟲病預(yù)防控制所、慢性非傳染性疾病預(yù)防控制所、消毒與媒介生物控制所、公共衛(wèi)生安全與監(jiān)測所、理化與衛(wèi)生毒理檢測所、微生物檢測所9個專業(yè)所。中心儀器設(shè)備總值達3億元，取得國家級檢驗檢測機構(gòu)資質(zhì)認定12大類、95小類、1526項參數(shù)；取得中國合格評定國家認可委員會（CNAS）實驗室認可12大類、95小類、1488項參數(shù)。中心目前擁有的檢驗檢測儀器設(shè)備總值和實驗室認可參數(shù)在西南地區(qū)均位居第一。中心是西部地區(qū)唯一完成遷建的省級疾控中心，擁有2萬m2實驗室及動物房，面積位居西部第一。中心已經(jīng)配備了超高效液相色譜串聯(lián)高分辨質(zhì)譜2臺，高分辨Orbitrap氣質(zhì)聯(lián)用儀1臺等高精尖設(shè)備，也是西部地區(qū)中唯一配備實時直接分析（DART）質(zhì)譜離子源、MT50現(xiàn)場便攜式多級質(zhì)譜系統(tǒng)的省級疾控中心。中心擁有1個固定BSL-3實驗室和2個移動BSL-2實驗室，具備新冠病毒、高致病性禽流感病毒、鼠疫耶爾森菌、埃博拉出血熱病毒和猴痘病毒（已通過評審）等病原微生物實驗活動資格，建成病原體測序溯源平臺和國家級流感、致病菌識別網(wǎng)絡(luò)實驗室，在全國率先分離出新冠病毒德爾塔變異毒株，在中國大陸地區(qū)首次檢測出猴痘病毒，是全國首批開展蜱傳疾病專項監(jiān)測的工作單位。