中心前身為省衛(wèi)生防疫站，成立于1953年。2003年11月，經(jīng)省機(jī)構(gòu)編制委員會批準(zhǔn)，撤并省衛(wèi)生防疫站、省結(jié)核病防治研究所組建成立省疾病預(yù)防控制中心，核定編制470人，規(guī)格副廳級，經(jīng)費(fèi)實(shí)行全額預(yù)算管理。2006年2月，整體搬遷至鄭東新區(qū)，占地80畝，總建筑面積34190平方米。設(shè)立9個業(yè)務(wù)所（中心）、6個職能處室、13個直屬科室。擁有各類儀器設(shè)備總價值1.56億元，達(dá)到國內(nèi)一流水平。通過國家認(rèn)可委的認(rèn)可和原衛(wèi)生部的計量認(rèn)證，認(rèn)證認(rèn)可項目達(dá)976項，被商務(wù)部第一批授予“定點(diǎn)食品安全檢測機(jī)構(gòu)”， 2014年獲國家食品藥品監(jiān)督管理局“保健食品注冊檢驗(yàn)機(jī)構(gòu)”資質(zhì)認(rèn)可，被原國家衛(wèi)計委授予“國家食品安全風(fēng)險監(jiān)測河南中心”。目前已經(jīng)獲5項國家檢測檢驗(yàn)認(rèn)可資質(zhì)。建有全省唯一的BSL-3實(shí)驗(yàn)室、49個BSL-2實(shí)驗(yàn)室（其中10個為加強(qiáng)型BSL-2實(shí)驗(yàn)室）、省A級SPF動物實(shí)驗(yàn)室、菌（毒）種保藏中心、國家級艾滋病確證實(shí)驗(yàn)室、WHO認(rèn)證的脊灰實(shí)驗(yàn)室、結(jié)核病參比實(shí)驗(yàn)室、淮河流域癌癥綜合防治項目實(shí)驗(yàn)室，以及“國家致病菌識別網(wǎng)”區(qū)域中心實(shí)驗(yàn)室等。