中心（National Microbiology Data Center ，NMDC）于2019年6月經科技部、財政部通知公布，由中國科學院微生物研究所作為依托單位，聯合中國科學院海洋研究所、中國疾病預防控制中心傳染病預防控制所、中國科學院植物生理生態研究所，中國科學院計算機網絡信息中心等單位共同建設，科技部國家科技基礎條件平臺中心和中國科學院辦公廳為上級主管部門。中心數據資源總量超過2PB，數據記錄數超過40億條,數據內容完整覆蓋微生物資源、微生物及交叉技術方法、研究過程及工程、微生物組學、微生物技術以及微生物文獻、專利、專家、成果等微生物研究的全生命周期。中心重點推進微生物領域科技資源向國家平臺匯聚與整合，加強微生物資源開發應用與分析挖掘，提升微生物資源有效利用和科技創新支撐能力，為科學研究、技術進步和社會發展提供高質量的科技資源共享服務。