中國(guó)科學(xué)院昆明分院前身是中國(guó)科學(xué)院成立于1957年的中國(guó)科學(xué)院昆明辦事處，1958年擴(kuò)建為中國(guó)科學(xué)院云南分院，1962年，中國(guó)科學(xué)院云南分院與四川分院、貴州分院合并，共同在成都成立中國(guó)科學(xué)院西南分院。1978年10月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，西南分院撤銷(xiāo)，成立中國(guó)科學(xué)院昆明分院。昆明分院作為中國(guó)科學(xué)院機(jī)關(guān)的派出機(jī)構(gòu)，負(fù)責(zé)聯(lián)絡(luò)和協(xié)調(diào)中國(guó)科學(xué)院在云南和貴州地區(qū)的昆明植物研究所、昆明動(dòng)物研究所、西雙版納熱帶植物園、地球化學(xué)研究所、國(guó)家天文臺(tái)云南天文臺(tái)5個(gè)科研單位。昆明分院建有4個(gè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，6個(gè)院重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，8個(gè)院地共建重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，2個(gè)院級(jí)研究中心，3個(gè)共建工程中心，有中國(guó)西南野生生物種質(zhì)資源庫(kù)、探月工程地面應(yīng)用系統(tǒng)40米射電望遠(yuǎn)鏡、亞洲最大口徑的2.4米通用光學(xué)望遠(yuǎn)鏡、亞洲最大的地面太陽(yáng)觀測(cè)基地-撫仙湖一米太陽(yáng)塔、西雙版納萬(wàn)種植物園和昆明動(dòng)物博物館、西南生物多樣性實(shí)驗(yàn)室等重大科研平臺(tái)，擁有一批先進(jìn)的大型科研儀器設(shè)備和完善的計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)及生物多樣性信息系統(tǒng)。