昌平區中醫醫院始建于1984年，1992年12月正式建院。1995年6月被世界衛生組織、國家衛生部命名為“愛嬰醫院”，同年10月被國家中醫藥管理局評定為“二級甲等中醫醫院”，2009年2月成為“北京中醫藥大學昌平臨床教學醫院”，2012年9月順利通過國家中醫藥管理局三級甲等中醫醫院的評審驗收，于2012年12月以租賃方式開辟醫院南院區(5000㎡)，打造以健康體檢、中醫體質辨識、治未病、針灸按摩、內病外治等中醫診療技術為主的中醫綜合診療區和健康管理中心，同時建立北京中醫藥大學臨床教學基地。
　　醫院現有職工935人，其中高級職稱90人，專業技術人員占職工總數的86%，擁有固定資產1.41億元。設有臨床科室22個，病區11個，國家級中醫重點專科2個，市級重點中醫2個，院級重點專科2個，中醫傳統科室4個，“薪火傳承”老中醫工作室1個，醫技科室10個，藥劑科室10個專業組，分院2個，南院院區1個。開設床位402張。日門急診人次3000余人次，年住院8733人次，年手術4700余臺，平均住院日10.4天，年業務收入5.28億元。承擔市級科研課題4項，區級科研課題12項。現已成為昌平地區集中醫醫療、教學、科研、防保為一體的綜合性三級甲等中醫醫院。
　　醫院在取得“三級甲等中醫醫院”的稱號后，在中醫藥特色優勢發揮、中醫藥人才梯隊建立、中醫特色專科建設、醫護質量與安全管理、中醫預防保健服務和中醫藥文化建設等方面進行了持續改進。在以中醫為主，中西醫結合治療心血管病、腦血管病、糖尿病、不孕癥、骨傷疾病等方面取得了可喜的成績。目前，心血管病科的介入治療、心臟起搏器植入；腦病科的腦梗死前移治療；糖尿病科的中西醫結合治療糖尿病腎病及糖尿病周圍神經病變；外科的腹腔鏡、膀胱鏡微創手術；婦產科的腹腔鏡、宮腔鏡微創技術；骨傷科的手法正骨整復、關節鏡微創技術、人工關節置換；口腔科的口腔種植體植入；皮膚科的銀屑病中醫特色療法；針灸科的冬病夏治及董氏奇穴療法；推拿科的熨帖及電蠟療法等技術均處于該區領先水平。
　　近年來醫院投入大量教育經費送出專業技術人員進修深造，其中5人入選為北京市中醫管理局“125”人才。近年來，共發表學術論文255篇，國家級157篇，省市級98篇，參加國家級及省市級學術交流會議83次，榮獲區級科技進步獎5項，局級科技進步獎11項。
　　醫院先后積極引進臨床所需設備，提高診療水平，保證業務發展所需。經過十幾年的建設與發展，醫院現擁有檢驗、超聲、放射、內窺鏡等一批先進的醫療設備。先后引進了核磁共振成像系統、螺旋CT機、彩色超聲診斷系統、大C臂多功能心血管造影系統、小C臂系統、關節鏡、光電中央監護、腹腔鏡、電子胃鏡、電子腸鏡、全自動生化分析儀、骨密度儀、乳腺機、放免儀等先進的醫療設備。不僅為臨床診療提供了可靠的診療依據，而且也為科研工作的開展創造了良好的條件。
　　新的時代，賦予其新的使命。昌平區中醫醫院正以嶄新的姿態，在區委、區政府的領導下，在院黨政領導班子的帶領下，腳踏實地、開拓進取，立足昌平，服務大眾，一如既往的按照“淳德精誠承古納今”的醫院院訓以及“以人為本，精誠為醫，澤惠百姓”的醫院宗旨，全面建設三級甲等中醫醫院，為昌平打造“京北創新中心，國際科教新城”做出努力。