南方醫科大學深圳醫院是新醫改形式下，由深圳市政府按照三甲醫院標準投資新建的一所公立醫院，按照“管辦分離”的模式委托南方醫科大學全面管理，成為南方醫科大學第六所直屬附屬醫院。是深圳市政府實施醫療衛生“三名工程”和政校合作推進公立醫院改革的重大項目，由深圳市政府提供醫院運營和可持續發展的政策與經費支持。
　　醫院按照國際一流標準設計、建設，規劃總床位為1500張。一期工程投資17億元，總占地面積82412㎡，總建筑面積171204㎡，展開1000張，設計日均門診量8000人次。醫療設備投入5個億，自動化、信息化投入1.5億元。預計2015年6月底開業運行。
　　醫院位于深圳前海的生活休閑區，是前海深港合作自貿區醫療、教育配套服務項目之一，緊臨深圳機場、香港機場，匯聚港深西部快速軌道、穗莞深城際線、地鐵1號線、5號線、11號線等多條軌道線，具有獨特的區位優勢和戰略地位。
　　南方醫科大學前身為中國人民解放軍第一軍醫大學，創建于1951年，1979年被確定為全國重點大學，2004年8月轉制整體移交廣東省，更名為南方醫科大學。現有校本部、順德校區兩個校區、六所直屬附屬醫院（南方醫院、珠江醫院、第三附屬醫院、中西醫結合醫院、第五附屬醫院、深圳醫院）。有院士3名、國家重點學科以及重點培育學科5個、國家臨床重點專科16個。
　　南方醫科大學深圳醫院將以南方醫科大學整體資源為依托，以全校優勢學科為牽引，繼承深圳改革開放的基因，依托前海國家戰略平臺，發揮深圳國際化辦醫的先天優勢，用五年時間建成集醫療、教學、科研為一體的三級甲等臨床科研型綜合性醫院，成為深圳市分級醫療的“塔尖”醫院和輻射東南亞的醫療中心，為深圳市人民的生命健康，城市的可持續發展做出貢獻。